Kerja sama yang dapat dilakukan di BBTKLPP Yogyakarta berupa tempat praktek kerja lapangan bagi mahasiswa.
Instansi yang telah melakukan kerjasama di BBTKLPP Yogyakarta
1. Universitas Ahmad Dahlan
2. Stikes Wira Husada
3. Stikes Surya Global
4. Universitas Muhammadiyah Semarang
Kementerian Kesehatan
Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit
Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan Dan Pengendalian Penyakit (BBTKLPP) Yogyakarta